В заявлении ЮКОСа, поданном в ЕСПЧ, говорится о том, что предъявление необоснованных налоговых претензий, сфабрикованный аукцион по продаже «ЮНГ» и незаконное объявление компании банкротом лишили компанию ее законной собственности и явились для нее несоразмерным бременем. ЮКОС заявляет, что судопроизводство в отношении налогов было несправедливым, приведение судебных постановлений в исполнение – дискреционным и крайне жестким, а вменявшиеся компании нарушения закона не являлись предвидимыми или имевшими прецеденты в правовой практике. На этом основании ЮКОС настаивает, что к делу компании был применен особый подход, компания была лишена возможности справедливого и законного рассмотрения дела для достижения целей, которые являются дискриминационными и противоречащими положениям Конвенции.

Положения Конвенции, на которые опирался ЮКОС, гласят следующее:

Статья 1:

Высокие Договаривающиеся Стороны обеспечивают каждому, находящемуся под их юрисдикцией, права и свободы, определенные в Разделе I настоящей Конвенции.

Статья 6:

(1) Каждый в случае спора о его гражданских правах и обязанностях или при предъявлении ему любого уголовного обвинения имеет право на справедливое и публичное разбирательство дела в разумный срок независимым и беспристрастным судом, созданным на основании закона.

Статья 7:

(1) Никто не может быть осужден за совершение какого-либо деяния или за бездействие, которое согласно действовавшему в момент его совершения национальному или международному праву не являлось уголовным преступлением. Не может также налагаться наказание более тяжкое, нежели то, которое подлежало применению в момент совершения уголовного преступления.

(2) Настоящая статья не препятствует осуждению и наказанию любого лица за совершение какого-либо деяния или за бездействие, которое в момент его совершения являлось уголовным преступлением в соответствии с общими принципами права, признанными цивилизованными странами.

Статья 13:

Каждый, чьи права и свободы, признанные в настоящей Конвенции, нарушены, имеет право на эффективное средство правовой защиты в государственном органе, даже если это нарушение было совершено лицами, действовавшими в официальном качестве.

Статья 14:

Пользование правами и свободами, признанными в настоящей Конвенции, должно быть обеспечено без какой бы то ни было дискриминации по признаку пола, расы, цвета кожи, языка, религии, политических или иных убеждений, национального или социального происхождения, при надлежности к национальным меньшинствам, имущественного положения, рождения или по любым иным признакам.

Статья 18:

Ограничения, допускаемые в настоящей Конвенции в отношении указанных прав и свобод, не должны применяться для иных целей, нежели те, для которых они были предусмотрены.

Статья 1 Протокола № 1:

Каждое физическое или юридическое лицо имеет право на уважение своей собственности. Никто не может быть лишен своего имущества иначе как в интересах общества и на условиях, предусмотренных законом и общими принципами международного права.

Предыдущие положения не умаляют права Государства обеспечивать выполнение таких законов, какие ему представляются необходимыми для осуществления контроля за использованием собственности в соответствии с общими интересами или для обеспечения уплаты налогов или других сборов или штрафов.